天然蛋白质疏水性结构常常被掩盖在天然蛋白质分子内部，经过酶解，相对分子量低于6000dal的多肽时，疏水性结构就会较多暴露而出，跟味蕾接触产生苦味.疏水性氨基酸位于肽链末端时苦味较强，疏水性氨基酸越多，产生的苦味越大。疏水性氨基酸主要有脯氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、苯丙氨酸。